Monseñor Giovanni Cefai nació el 5 de agosto de 1967 en Zebbug, Diócesis de Gozo (Malta). En 1984 ingresó en la Sociedad Misionera de San Pablo en ese país europeo. Estudió en la Campion House de Londres (Inglaterra) entre 1987 y 1991. Estudió luego en la Facultad de Filosofía y Teología en la Universidad de Malta entre 1991 y 1997.
Emitió su profesión solemne el 23 de octubre de 1994 y fue ordenado sacerdote el 6 de diciembre de 1997. Obtuvo la Licenciatura en Teología Pastoral en la Universidad de Malta en 1999. Se ha desempeñado como director del Centro Juvenil de Piro en Malta entre 1997 y 1999, entre otros cargos.
Fue enviado al Perú a seguir cursos de preparación cultural y lingüística para la misión en 2001. En este país ha sido párroco de la Parroquia de Santa Cruz en Arequipa entre 2002 y 2013. Era hasta su nombramiento episcopal era párroco de la parroquia de San Pablo Apóstol en Arequipa y Superior Regional de la Sociedad Misionera de San Pablo en Perú.
Fue ordenado obispo el día 22 de junio de 2019 y en ese mismo mes, el 30 de junio tomo posesión canónica de un cede episcopal en la nueva catedral de Huancané.
